安诺优达战略性引入Revio平台,为三代科研服务保驾护航!
Revio
2022年10月25日,Pacific Biosciences(PacBio)宣布推出新一代高精度长读长测序系统Revio。为强化三代测序服务中心建设,提升服务效能,安诺优达战略性引进Revio测序平台,将成为国内首批提供Revio三代测序科研服务的供应商。
图1 Revio仪器照片(来源:PacBio官方网站)
Revio介绍
高密度25M芯片,并行4个Cell更快更灵活
全新的SMRT cell芯片,搭载高达2500万个ZMW(零模波导孔),是上一代Sequel II 系列8M 芯片的3倍!Revio系统同时并行4个SMRT Cell,每天提供360 Gb的HiFi序列,在HiFi数据通量增加15倍的前提下,运行时长缩短了6个小时,相当于每年可以完成1300个人类全基因组。
图2 Revio和Sequel Ⅱe对比(来源:PacBio官方网站)
高保真序列,准确识别变异
Revio系统基于CCS测序模式,使用Google Health DeepConsensus高级深度学习算法,高准确度的HiFi数据产出,能够实现碱基Q30≥90%,序列准确率中值≥Q30。Revio相对于Sequel Ⅱe系统,在检测SNV、Indels和SVs等变异上的表现较为一致,甚至实现部分超越。
图3 Revio和Sequel Ⅱe准确率对比(来源:PacBio官方网站)
先进的计算系统,算力提高20倍
Revio采用先进的NVIDIA GPU系统,与Sequel Ⅱe相比,Revio的计算能力提高20倍。该系统不仅可以加速Basecalling来满足Revio的高通量,而且搭载的AI计算集成深度学习算法也可用于DNA甲基化的高效检测。此外,优化后的BAM文件格式可以使每个碱基的储存空间减少5%。
安诺优达基于Pacbio Revio测序平台高通量、高准确性、高覆盖率的特征,结合自身多年的技术积累和产品经验,正式为生命科学多个领域,如人类遗传学、癌症研究、农业基因组学等研究领域提供以下服务内容:
01
动植物泛基因组测序
Revio测序平台多样本混合,高通量快速测序为泛基因组研究带来新突破。安诺优达泛基因组测序和联合分析产品,助力您获得丰富的物种遗传变异信息,解析物种性状差异的基因密码,揭示物种进化起源。
02
动植物T2T基因组组装
低测序成本,高测序通量,高测序质量的Pacbio Revio数据,为T2T基因组的组装提供优质的解决方案。安诺优达基因组T2T组装为染色体起源、染色体重组、进化等领域研究扫平障碍。
03
动植物单倍型基因组研究
Revio平台能快速产生高质量HiFi数据,服务于复杂基因组的准确解析,为单体型基因组和进化研究争分夺秒,抢占先机。安诺优达单倍型基因组产品持续应用于解析等位基因的表达差异,挖掘群体遗传规律,保存优质种质资源等多领域。
04
全基因组测序、重测序
Revio平台一年可以提供1300个30X覆盖度的人类基因组测序数据,如此高数据量的产出,对于人类全基因组测序,人类、动植物重测序具有深远的意义。安诺优达全基因组测序和重测序产品为人类遗传学、癌症等疾病研究、动植物进化研究等多领域保驾护航。
安诺优达已配备Pacbio Sequel I, Pacbio Sequel II, Pacbio Sequel IIe等共计21台Pacbio三代测序仪器,并引入了Megaruptor3、Femto Pulse Systems、BluePippin、ELF Sage等硬件设备,可实现HiFi稳定高产出,具备大规模的测序研发及服务能力。目前已与清华大学、中国农业大学、中科院遗传与发育所、中国海洋大学、中国农业科学院、福建农林大学等多家科研院所在三代测序服务项目中开展了深度合作,助力文章发表于Cell、Nature、Science、Nature Biotechnology、Nature Plants、Molecular Plant、Nature Communications、Communications Biology等多个国际期刊。此次Revio平台的引入,将进一步夯实安诺优达大规模基因组中心的硬件基础,为基因测序业务的全球化拓展增添重要竞争力。
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