痛风相关基因SNP位点分子诊断方法的建立与比较评价.pdf

　　痛风相关基因SNP 位点分子诊断方法的建立与比较评价

　　中 文 摘 要

　　目的：建立痛风相关基因单核苷酸多态性（SNP）位点的基质辅助激光解吸

　　电离飞行时间质谱（MALDI-TOF ）分子诊断方法，完成48 个 SNP 位点的分型

　　检测并验证其在西北地区痛风人群的遗传易感相关性。对MALDI-TOF 基因分型

　　的结果进行评价与对比，完成MALDI-TOF 与PCR-HRM 的方法学评价。

　　方法：通过软件设计 48 个 SNP 位点的特异性扩增引物以及单碱基延伸引

　　物，建立基于MALDI-TOF 技术的分子诊断方法，对400 份痛风样本的48 个SNP

　　位点进行检测，使用统计软件对病例组和对照组的基因型及等位基因频率进行分

　　析。将MALDI-TOF 分型结果与PCR-HRM 分型结果进行对比，以Sanger 测序

　　结果为“金标准”评价两个方法的差异性及检测性能。

　　结果：(1) 所建立的MALDI-TOF 检测体系完成了对400 份样本的48 个SN

　　P 位点的检测，总体成功率为99.73% （19148/19200），有7 个位点的52 个基因

　　型检测失败。21 个基因中有12 个基因的19 个SNP 位点等位基因携带者痛风发

　　病风险增加；其中11 个基因的 19 个SNP 位点等位基因携带者痛风发病风险降

　　低。(2) MALDI-TOF 方法检测结果与PCR-HRM 方法检测结果一致率为96.27%，

　　一致结果与Sanger 测序相比准确率为100%。

　　结论：本研究所建立的MALDI-TOF 分子诊断方法可进行高通量快速基因分

　　型，检测成功率较高。ABCG2 、APOA4 、APOBEC4 、TNRC6C、PTGR2 、PKD2 、

　　ZNF410 、FAM161B 、EXOC3L2 、TMC6、RGS20 、SLC22A12 、ENTPD5 、GCKR、

　　SLC2A9 、SLC 17A 1 基因多态性与西北地区人群痛风的遗传易感性相关。MALDI-

　　TOF 方法适用于人群大样本多个位点的科学研究，PCR-HRM 方法适用于常规实

　　验室进行科研和临床诊断。

　　关键字：单核苷酸多态性，基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱，痛风，

　　高分辨率熔解曲线，遗传易感性

　　I

　　ESTABLISHMENT OF MOLECULAR DIAGNOSIS

　　METHOD FOR GOUT-RELATED GENE SNPS AND

　　COMPARATIVE EVALUATION

　　Abstract

　　Objectives ：To establish a matrix-assisted laser desorption ionization time-of-flight

　　mass spectrometry (MALDI-TOF) molecular diagnostic method for gout-related genes

　　single nucleotide polymorphism (SNP) loci and complete the genotyping of 48 SNP

　　loci. To validate relationship of those loci with the susceptibility of gout populations in

　　Northwestern China. To make a methodological evaluation of MALDI-TOF and PCR-

　　HRM.

　　Methods ：We designed specific amplification primers and single base extension primers

　　of 48 SNP sites by software and established a molecular diagnostic method based on

　　MALDI-TOF technology. The genotypes and allele frequencies of the case group and

　　the control group were analyzed by sta