Nat. Commun. 速递:作为蛋白质序列空间功能多样性映射的潜在生成景观
原创 集智编辑部 集智俱乐部
关键词:变分自动编码器,生成模型,生成景观,蛋白质预测
论文题目:Latent generative landscapes as maps of functional diversity in protein sequence space
论文来源:Nature Communications
论文链接:https://www.nature.com/articles/s41467-023-37958-z
变分自动编码器是具有生成能力的无监督机器学习模型,当应用于蛋白质数据时,它们可以通过系统发育对序列进行分类,并生成保留蛋白质组成统计特性的新序列。
以前的研究集中在聚类和生成特征上,最新发表于 Nature Communications 的这项研究,评估的是序列信息所嵌入的潜在流形(underlying latent manifold)。为了研究潜在流形的特性,作者利用直接耦合分析和 Potts Hamiltonian 模型来构建一个潜在的生成景观。论文展示了这一景观是如何捕捉系统发育分组,以及包括 Globins、β-内酰胺酶、离子通道和转录因子在内的几个系统的功能和适应特性的。这项研究说明景观如何帮助我们理解实验数据中观察到的序列变异性的影响,并提供关于定向和自然蛋白质演化的洞察力。将变分自动编码器的生成特性和功能预测能力与协同演化分析结合起来,可能有利于蛋白质工程和设计的应用。
文章指出,蛋白质序列空间中存在着许多不同的功能,但是这些功能之间的关系很难被直接观察到。作者们使用了一种新的方法来研究这些功能之间的关系,这种方法被称为“潜在生成景观”。潜在生成景观可以用来描述蛋白质序列空间中的功能多样性,并且可以用来预测新的蛋白质序列的功能。
图1. 潜在生成景观 (LGL) 方法概述。
图2. 熵和哈密顿分数与 tRNA 合成酶家族训练序列保真度之间的关系。
图3. 局部生成景观在蛋白质工程中的应用。
原标题:《Nat. Commun. 速递:作为蛋白质序列空间功能多样性映射的潜在生成景观》
阅读原文
上一篇:营造文旅生态,孵化精品剧目,江苏南京——小剧场里看大戏(艺术为城市添彩)
下一篇:叫嚣“我爸是李刚”的李启铭:出狱无人接,父亲不认他,太解气!
最近更新娱乐资讯
- 获奖影评赏析|《阿丽塔·战斗天使》
- 人生必看十部好看的纪录片(十部必看的现实主义纪录片)
- 日本十大禁欲动漫盘点:唯美霸道下的污镜头
- 墨西哥大麻即将合法化,美媒:美国夹在两个“卖大麻的邻居”之间
- “和合”文化背景下昭君文化的价值生成
- 马来酸阿法替尼片人体生物等效性试验
- 原创《满城尽带黄金甲》:喧哗与沉静的戏台,道德与伦理的悲歌
- 裴旖旎
- 隐适美附件又掉了,从第一天掉了2颗,第二天掉了1颗,今晚我还戴牙套吗?
- 电视剧《最美的青春》:好作品是如何炼就的
- 狗头萝莉出摊卖煎饼大家怎么看?
- 记者的职业伦理:我该何时放下相机
- 绝命毒师电影,「蚁人」改造DNA,首部Netflix华语剧...10月流媒体片单
- 这是一部非常独特的「成人动画」,少儿不宜
- 高分电影推荐!六部直击人性黑暗面的韩国片!部部引人深省!
- 2022天津解放军464医院整形美容中心整形价格表(价目表)全新发布
- 精 [电影推荐]一再婚女人因拯救女儿,让两个家庭面临人性考验,此电影令人感动
- 缓冲晶体溶液与生理盐水对重症监护病房患者急性肾损伤的影响:SPLIT随机临床试验
- 未成年人千万别看这部片子,简直太变态了!!!
- 生态在文学中的位置
- 与3800多名女性发生过关系,世界小电影之王,终于那啥了
- 新加坡电影《爸妈不在家》爆冷获多项金马奖
- 调查称52%受访者认为国产电影色情暴力问题严重
- 红楼梦初中读书笔记
- 家庭伦理剧,小品剧本《家庭矛盾》