南开校长和其他作者“现身”，逐一回应！质疑者再发声

　　导读

　　曹雪涛和被质疑论文所涉及的相关作者针对不同的质疑作出解释。

　　质疑者再发声：我想强调我无意指责任何人行为失当。请记住，很多重复也许只是“诚实的错误”。

　　中国工程院：会针对网络反映曹雪涛院士的有关问题展开调查。

　　今天凌晨，中国免疫学家曹雪涛院士在同行评议网站“pubpeer”发文，回应了学者伊丽莎白·比克（Elisabeth Bik）对他部分论文的质询。

　　曹雪涛现任南开大学校长，是著名的免疫学家。此事引起了巨大关注。

　　在回应中，曹雪涛表示，对这些研究的分析仍在进行中。基于截至目前的分析，以及从同事和同行那里收到的补充反馈，他希望补充一点——“我仍然对这些论文中得出的科学结论的有效性、牢靠性以及研究的可重复性，充满信心。”曹雪涛说，“对于我的任何失察及由此带来的不便，我深表歉意。”

　　曹雪涛和被质疑论文所涉及的相关作者也在PubPeer网站上，针对不同的质疑作出解释。

　　中国青年报（ID：zqbcyol）注意到，目前，他们已对5篇论文的质疑进行了回应解释。

　　针对相关解释，Elisabeth M Bik 回复：感谢提供原始图片并解除了所有疑虑

　　在题为《E3 ubiquitin ligase CHIP facilitates Toll-like receptor signaling by recruiting and polyubiquitinating Src and atypical PKC{zeta}》文章中，共同通讯 Taoyong Chen就Elisabeth M Bik 提出的相关质疑给出了回应↓↓↓

　　感谢对文章图4A， 4C， 5A中胶图结果的相似性进行质疑。我们仔细查看了原始数据现在进行解释。

　　

　　红框中标识的是最终用于发表图4C, 5A中对β-actin蛋白进行检测的结果。

　　

　　以上图片中红框标出的是用于最终发表图4A(MyD88)，5A(TLR9)的原始数据图。

　　基于以上数据，我们可以清晰的看到虽然他们非常偶然的看起来很相似， 但图4A, 4C, 5A的原始数据结果来自不同的凝胶跟曝光胶片。

　　三小时后，Elisabeth M Bik 回应：“感谢提供原始图片并解除了所有疑虑”↓↓↓

　　

　　在题为《Type I IFN inhibits innate IL-10 production in macrophages through histone deacetylase 11 by downregulating microRNA-145》的文章中，第一作者LiLin针对Elisabeth M Bik提出的质疑作出回应：

　　这是小鼠腹腔巨噬细胞在感染VSV前后miRNA组的微阵列结果对比。我们发表的结果是从微阵列分析得到的热图中得出的。

　　但是热图在从低分辨率的PDF文档往高分辨率的TIFF格式转的过程中，这些点就会变模糊然后看起来好像表达值是一样的。而且颜色格式也转换成了RGB，这也会导致结果图中一些点的颜色异常。原始的数据包括图和表都已经附上。

　　

　　

　　四小时后Elisabeth M Bik 回应：“非常感谢您的解释！这非常有帮助”↓↓↓

　　

　　在题为《Circular RNA circMTO1 acts as the sponge of microRNA-9 to suppress hepatocellular carcinoma progression》的文章中第一作者Dan Han 针对Stachys Heraclea两年前提出的质疑作出回应：

　　1.事实上，关于线性MTO1的信息在图S3c中有发表。在对环状MTO1进行表达沉默后，都还可以检测到环状MTO1跟线性MTO1的表达而且线性MTO1的表达水平不受环状MTO1沉默的影响。

　　2.因为microRNA在细胞里的密度有异质性，所以y轴所述”miRNA相对表达值”指的是用环状MTO1探针共沉淀后各miRNA的qPCR结果值。不用的microRNA有不同的表达谱。图S3A中展示了不同细胞系中环状MTO1的表达水平。而图S3D的结果是通过质粒转染过表达环状MTO1后的MTO1表达水平。综上，环状MTO1在图S3A跟S3D中的表达水平应该不一样。

　　3.我们在1157页提到了用miRanda软件预测miR-9跟circMTO1的结合位点。miR-9可以降低一个细胞周期相关基因CDX2的表达（在参考文献27中有描述）。我们通过后期实验也验证了miR-9还可以降低另一个细胞周期相关基因p21的表达。需要提到的是，p21的目标物并没有按照你提到的方法进行预测。

　　4.正如在图S3中展示的，所有用到的八个细胞系全部都是HCC（肝细胞癌），在这些细胞系里miR-9的表达水平比环状MTO1高，这个结果也跟肿瘤组的FISH（荧光原位杂交）实验结果一致。除此之外，FISH分析主要是研究共定位，而它的实验结果可能被多种因素影响包括探针的特异性和亲和力。不过，图S3中的qPCR结果已经足以准确的展示他们的基因表达水平。

　　5.在1153页的方法学部分里，从RiboBio购买的针对环状MTO1的siRNA以及对照siRNA都有胆固醇修饰。胆固醇的作用是可以使siRNA更好的进入肿瘤细胞，而且它被认为是一种动物实验中可用的试剂，并且没有发现有致瘤的效果。我们希望以上解释可以解答您的疑惑。

　　

　　

　　此外，曹雪涛发表在science的论文《The STAT3-binding long noncoding RNA lnc-DC controls human dendritic cell differentiation》受到一些质疑，质疑者说他们实验的实验组（lnc-DC RNAi-1）跟空白对照组(未做任何处理)的细胞流逝结果图相似。

　　曹雪涛给的解释是他们在整理结果发表时，把同一个样本用不同圈选方法得到的FACS结果图放在了一起，曹雪涛在回复中附上了实验的原始数据。

　　

　　

　　有论文作者为无意识的错误道歉

　　11月14日上午6:22，Elisabeth M Bik 发布题为《HSP70L1-mediated intracellular priming of dendritic cell vaccination induces more potent CTL response against cancer》的质疑↓↓↓

　　

　　第一作者Shuxun Liu 先后两次回应，解释称：

　　之所以出现这样的错误是因为在整合编辑文章结果时发生的。在准备结果发表时，我们误将图3D中Medium组的结果重复复制到了CH组的结果，然后又误将CH组的结果发表为AdCtrl组的结果，而AdCtrl组的真实结果在发表时被忽略了。并且，在原始发表的Medium组中标注的百分比也有错误。我们已经与Cell. Mol. Imminol.杂志的编辑取得联系，更正后的数据会尽快发表出来。

　　他表示，为无意识的错误道歉，同时进行了更正↓↓↓

　　The corrected figure 3D and related raw data are attached below.

　　We sincerely apologize for this unintentional error made before manuscript submission but we failed to catch at the submission and subsequent review and publication steps.

　　

　　

　　11月18日上午4:03 Elisabeth M Bik 回复：非常感谢您的解释和更正此错误↓↓↓

　　

　　Elisabeth M Bik 的置顶回应里写道：很多重复也许只是“诚实的错误”

　　Elisabeth M Bik 发文回应：我想强调我无意指责任何人行为失当。请记住，很多重复也许只是“诚实的错误”。

　　另据澎湃新闻报道，中国工程院办公厅工作人员回应表示，中国工程院会针对网络反映曹雪涛院士的有关问题展开调查。↓↓↓

　　

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